В 40-е —60-е годы ХХ века в казематах бывшей 35–й ББ размещалась береговая батарея № 723.

В 1963 году, после того, как военные оставили эту территорию, Исполком Севастопольского городского совета принял решение, в соответствии с которым территория 35–й береговой батареи была взята под охрану государством. Однако конкретные меры по сохранности исторического объекта приняты не были. Батарея разрушалась, в ее казематах и на прилегающей территории скапливался строительный и бытовой мусор.

В 1988 году в правом командном пункте 35–й ББ и его потерне была оборудована сейсмологическая лаборатория  Симферопольского государственного университета им. М.В. Фрунзе.

На рубеже 80–х—90–х гг.  возрос интерес к ранее «закрытым» страницам обороны Севастополя. Территорию батареи исследовали поисковые отряды, историки. Здесь проводились встречи ветеранов, приуроченные к 3 июля—дате официального окончания обороны Севастополя 1941— 1942 гг.

Вместе с тем, непоправимый ущерб историческому объекту нанесли действия «предприимчивых» людей, срезающих металлоконструкции, а также «черных копателей». Но самой большой бедой стало все расширяющееся строительство коттеджей, частных гостиниц в непосредственной близости от территории 35-й батареи.

В сентябре 2003 года члены комиссии по топонимике при городской администрации разместили в средствах массовой информации обращение к общественности Севастополя с призывом защитить исторический памятник. Благодаря действиям неравнодушных севастопольцев, вопрос о сохранении 35-й ББ был вынесен на рассмотрение Севастопольского городского совета. 26 апреля 2006 года  было принято решение «О создании музейного историко-мемориального комплекса Героическим защитникам Севастополя на территории 35-й береговой батареи». Чуть позднее утверждены еще два нормативных документа, послуживших основанием для   начала проектирования и строительства мемориального комплекса. Это решение Севастопольского городского  Совета от 4 июля 2006 года № 411 «Об отнесении участка музейного историко-мемориального комплекса Героическим защитникам Севастополя на территории 35-й береговой батареи к землям историко-культурного назначения и изменении границ землепользования дачно-строительного кооператива «Феникс» и   решение общественного совета от 24 июня 2006 года об организации общественных слушаний по вопросу проведения конкурса проектов строительства музейного историко-мемориального комплекса.

В 2007 году  начинается создание Музейного историко-мемориального комплекса героическим защитникам Севастополя "35–я береговая батарея". В его строительстве приняли участие тысячи людей —специалистов различных профессий. Мемориальный комплекс создавался  на негосударственные средства. Основную часть расходов по проектированию, строительству, содержанию и развитию комплекса взяли на себя предприятия промышленной группы "Таврида–электрик"(генеральный директор А.М.Чалый). Архитектурная концепция и проект разработаны архитектором А.И.Хомяковым (Москва). Проект и рабочая  документация выполнены  ЗАО «Севастопольский Стройпроект» (директор В.И.Лошанюк)

Создание музейного комплекса такого масштаба (площадь мемориала— около 8 га,  подземные сооружения— около 5 000 кв.м.)—событие беспрецедентное не только для Севастополя, но и для всего постсоветского пространства. Это пример бережного отношения к нашей общей истории, к памяти тех, кто победил фашизм в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.